1961年，福建海洋研究所受中国科学院华东分院和福建省科委双重领导。1962年，福建海洋研究所更名为中国科学院华东海洋研究所，隶属中国科学院华东分院，与厦门大学合办。1964年，在华东海洋研究所基础上筹建新的研究所。1965年，华东海洋研究所移交国家海洋局领导管理，定名为国家海洋局第三海洋研究所（现名自然资源部第三海洋研究所）。