2000年，厦门大学与福建海洋研究所在长期合作的基础上，正式组建了“教育部、福建省海洋环境科学联合重点实验室”。这是我国第一个由国家和地方联合共建的实验室，开创了省部共建重点实验室的先河。

该实验室的前身是1995年成立的海洋生态环境国家教委开放研究实验室（1999年更名为海洋环境科学教育部重点实验室）。实验室由洪华生教授担任主任，她自1995年起担任海洋环境科学教育部重点实验室主任，2000年5月主导组建了该联合重点实验室。该实验室的成立旨在瞄准全球变化和海岸带可持续发展等国际海洋环境的重大科学问题，主攻海洋生物地球化学循环与海洋生态系统相互作用。这一联合实验室的建立，为此后2005年成功获批建设“近海海洋环境科学国家重点实验室（厦门大学）”奠定了重要基础。