学院注重培养学生专业实践能力，现已建成了7个实践教学基地，覆盖了2国（中国、马来西亚），3省（福建省、安徽省、广东省），7市（厦门市、漳州市、三明市、福州市、泉州市、巢湖市、惠州市），4个海区（厦门湾、九龙江河口、惠州湾、南海），依托实践基地开展3个层次的专业实习（课程实习、行业实习、综合海洋调查）。

国家级实践教学基地

长江口及其邻近海域海洋生物与生态野外实践基地

（合作单位：浙江海洋大学、中国海洋大学）

省级实践教学基地

南方海洋理科实践基地

（合作单位：福建台湾海峡生态系统国家科学观测研究站东山实验场）

校级实践教学基地

厦门大学物理海洋学科大学生校外实习实践教育基地

（合作单位：福建省预报台、厦门海洋预报台）

厦门大学海洋科学野外综合实践基地

（合作单位：长江口及其邻近海域海洋生物与生态野外实践基地、浙江海洋大学）

厦门大学惠州市海洋学科大学生实践基地

（合作单位：广东大亚湾水产资源省级自然保护区管理处、惠州市海洋技术中心实验室 、惠州迪芬尼声学科技股份有限公司）

厦门大学海洋生物技术产学研实践基地

（合作单位：安井食品集团股份有限公司、福建大北农华有水产科技集团有限公司、漳州卜蜂正大水产有限公司）

厦门大学福建省地震局海洋学科教学实践基地

（合作单位：中国地震局厦门海洋地震研究所、福建省海洋地震监测中心、泉州国家基准地震台）